М. С. Лунин родился в семье статского советника и богатого тамбовско-саратовского помещика, имевшего 1200 крепостных душ — Сергея Михайловича Лунина. Получил домашнее образование. Он кроме французского языка, также хорошо знал английский, польский, латинский языки. Был воспитан, по собственным словам, в католичестве одним из своих преподавателей — аббатом Вовилье. В ранние годы Лунин проводил большую часть свободного времени в доме своего дяди, Михаила Муравьёва, одного из образованнейших людей своего времени.<br/>Зачислен в лейб-гвардии Егерский полк юнкером с сентября 1803 года, в январе 1805 года произведён в портупей-юнкеры. Переведён эстандарт-юнкером в Кавалергардский лейб-гвардии полк в 1805 году, в сентябре этого же года произведён в корнеты. С 1805 года участвовал почти во всех серьёзных операциях русских войск против французов, за «отличие награждён орденом св. Анны 4 степени» 2 июня во Фридланде. В декабре 1807 года Лунин был произведён в поручики, в сентябре 1810 года — в штаб-ротмистры.<br/>В 1815 году М. С. Лунин ушёл в отставку с военной службы. Уволен из Кавалергардского полка 14 сентября 1815 г. Формальным поводом послужила дуэль с «каким-то поляком». С. Б. Окунь отмечал: «Александр, у которого к этому времени сложилось вполне определённое впечатление о Лунине, …просто решил избавиться от человека, всё поведение которого свидетельствовало о нежелании мириться с существующими порядками и все поступки которого носили характер открытого протеста».<br/>В 1816 г. Петербурге он вступил в «Союз спасения», и в дальнейшем был одним из основателей «Союза благоденствия», после прекращения деятельности которого Лунин стал членом «Северного тайного общества».<br/>На совещании членов союза в 1816 г. Лунин заявил, что не трудно устроить заговор и убить Александра I на Царскосельской дороге, по которой он обычно ездит без большой охраны. Для этого достаточно собрать группу решительных людей и одеть их в маски (чтобы спутники царя не узнали убийц).<br/>В 1816 г. Лунин уехал за рубеж и год прожил в Париже, зарабатывая уроками и составлением прошений. В Париже он познакомился с А.Сен-Симоном. В 1817 году после смерти отца, став наследником большого состояния, вернулся в Россию. В 1822 году М. С. Лунин поступил на службу в Лейб-гвардии Гродненский гусарский полк. Он был назначен адъютантом Великого князя Константина Павловича, который был главнокомандующим войсками Варшавского военного округа.<br/>После 1822 года Лунин отошёл от идей основателей движения, оставаясь приверженцем необходимости политических перемен в России, и прежде всего — освобождения крестьян. Он, в основном, отвергал способы, предлагаемые участниками тайных обществ, которые казались Лунину неприемлемыми.<br/>В событиях 14 декабря 1825 года в Санкт-Петербурге М. С. Лунин не принимал участия, так как в то время находился на службе в Польше. В марте 1826 года вызывался свидетелем по делу о восстании в Варшавский следственный комитет. Из декабристов Лунин был арестован последним: 10 апреля 1826 г. отправлен в Петербург под конвоем и в сопровождении фельдъегеря. В ночь на 16 апреля помещён в Петропавловскую крепость.<br/>Следственному комитету Лунин заявил: «Я поставил себе неизменным правилом никого не называть поимённо». Факт своего участия в тайном обществе не отрицал.<br/>В 1826 году М. С. Лунин был осуждён в основном за план цареубийства 1816 года. Приговорён к пожизненной каторге. 10 июля 1826 года срок каторги сокращён до 20 лет, по манифесту от 22 августа 1826 г. — до 15 лет с последующим поселением в Сибири навечно. В 1832 году срок каторги был сокращён до 10 лет.<br/>Его сестра под давлением мужа оспорила завещание. Имение досталось ей.<br/>После заключения в крепости Свеаборг и Выборгской тюрьме направлен в Читинский острог (доставлен 11 апреля 1828 года). Переведён на Петровский завод в августе 1830 года. В 1836 году вышел на поселение в с. Урик.